La historia comienza con Yggdrasil, un MMORPG popular cuyo servidor fue apagado. Sin embargo, el protagonista Momonga, cuyo personaje es un mago poderoso, decide no salir del juego. El avatar de Momonga se transforma en un esqueleto. A pesar del apagón, el mundo sigue adelante, con personajes no jugadores (NPC) que empiezan a sentir emociones y viven sus vidas según sus deseos. Al no tener padres, amigos, o un lugar en la sociedad, este joven ordinario se esfuerza por hacerse cargo de este nuevo mundo virtual.