Situado en el Nueva York de los años ochenta, Banana Fish sigue el porvenir de Ash Lynx, un delincuente juvenil y líder de una banda que se dedica a hacer trabajos para la mafia. Con tan solo 17 años, a Ash no le tiembla el pulso para disparar. Es duro, inteligente y con recursos.
Sin embargo, la aparición de los rumores de Banana Fish harán que su vida cambie de rumbo. ¿Es una organización secreta? ¿Una persona? ¿Un alias? Tanto la policía como el jefe de la mafia para la que Ash trabaja tienen un gran interés por descubrir de qué se trata. También Ash, puesto que descubre una relación entre este misterioso nombre y su hermano.